分子动力学（MD）模拟的流程是标准化的，但每一步都要手敲命令：grompp 生成 tpr、mdrun 跑轨迹、检查日志、再进下一步。一个体系动辄几个小时，中途参数写错就得重来。

MD Workflow Manager 做的事情很直接：选一个 CHARMM-GUI 输出的文件夹，剩下的交给它。

MD Workflow Manager 界面

核心能力

  • 一键接入 CHARMM-GUI：选中输出目录，自动识别力场、结构文件、各阶段的 mdp
  • 全原子 / 粗粒化自动区分：读 topol.top 里的力场判断（CHARMM36 → 全原子，Martini → 粗粒化），粗粒化自动换 20 fs 步长
  • 四页签流程：环境配置 → 输入检测 → 参数配置 → 运行日志
  • 实时进度与预估：当前阶段、阶段内进度、总体进度、剩余时间
  • 可取消、可续跑：失败后修好参数，从失败阶段继续
  • 自动装 GROMACS：检测不到 gmx 时，自动下载 micromamba、建 conda 环境、装 conda-forge 版 GROMACS，全程不需要管理员权限

一个有意思的架构决定：界面在 Windows，计算在 Linux

GROMACS 在 Linux 上性能最好，但大多数人手上是 Windows。

所以这个软件把两件事拆开了：GUI 跑在 Windows（打包成 exe），计算通过 WSL2 在 Linux 里执行。中间层处理了路径转换（C:\xxx ↔ /mnt/c/xxx）、命令包装、输出流解析。用户看到的是一个 Windows 软件，实际干活的是一台 Linux。

这也带来一个隐藏福利：GPU 加速可用 —— WSL2 能直通显卡；如果没有可用 GPU 设备，会自动回退 CPU 重跑当前阶段并记录警告，不中断流程。

工程细节

问题 解法
CHARMM-GUI 下载的是压缩包 直接导入 tgz / tar.gz / zip，自动解压定位
想先熟悉软件再跑真模拟 dry-run 模式：不调用 gmx 也能走完整个流程
环境到底行不行？ 「环境自测」用最小水体系真跑一遍 grompp + mdrun
断网 / 国内源慢 conda 通道可切清华镜像
想在服务器上用 提供 --cli 控制台模式，可 nohup / tmux 后台跑

体会

写这个项目最大的收获不是 GROMACS 本身，而是怎么把一个”专家流程”翻译成”界面语言”：哪些参数该暴露、哪些该藏起来、出错时用户到底需要看到什么。后面这一点尤其重要 —— 报错只写 “grompp failed” 是没用的，得告诉他第几个阶段、哪一行 mdp、缺了什么。

项目地址：sakurajh/md-workflow-manager